二氧化碳培養箱廣泛應用于植物種子發芽、栽培和育苗，昆蟲 、小動物的飼養，木材、建材的性能試驗等加濕器的一體化設計（可做30段程控或聯計算機控制）。二氧化碳濃度可以通過紅外傳感器進行控制，該怎樣控制濕度呢？

二氧化碳培養箱內通常采用兩種方式控制箱體內濕度。一是采用被動控濕法，即通常的二氧化碳培養箱內均放置一個3L的水盤，內盛3L低菌純水，37度的溫度，水自然蒸發，使箱體內濕度達到95%。二是一些的二氧化碳培養箱，采用主動加濕系統(蒸汽發生器，加熱水盤，噴霧器等)，可以 控制箱體內的濕度，如低溫培養時（低溫二氧化碳培養箱）就需要主動加濕的方法。

水盤污染控制問題：這種濕度條件下，放置在箱體內部的水盤中的純凈水，很容易造成微生物的滋生，產生污染，導致細胞培養失敗。

　　目前，控制水盤內污染的方法有如下幾種：
　　1、定期(至少每兩周一次)，更換水盤內的低菌蒸餾水或低菌去離子水。
　　2、在水盤內添加適量硫酸銅，配制方法：20g低水硫酸銅＋5ml濃硫酸＋1L滅菌純水。
　　3、夏季氣溫時，水盤里加0.02％的疊氮鈉可以有效的預防真菌污染。
　　4、水盤內添加適量抗生素。
　　5、定期為培養箱(含水盤)進行一次溫滅菌。
　　6、使用的水盤污染控制試劑，如市面上有些CO2培養箱廠家提供水盤污染控制的銀離子消毒盒，說明書上描述能有效殺滅600中微生物，能持續使用6個月，但此類污染控制試劑較常規方法，存在價格較昂貴缺點。采用主動加濕的方式就不存在污染問題。